„Schwellbrunnen“, erstmals 1268 zusammen mit Rötschwil, Högg und Beldschwendi als Lehen des Klosters St. Gallen erwähnt, war nur einer unter zahlreichen, im heutigen Gemeindegebiet liegenden Höfe. Diese wurden teilweise bereits in früheren Urkunden bezeugt, so z.B. Aedelswil (Aedelineswilare) im Jahre 909, Gägelhof (Gäglimar), Kappelen, Landersberg um 1200, Sonder 1225 und Tüfi (Dufin) 1227.

Bis zum Jahre 1648 war das Gebiet des heutigen Schwellbrunn ein Teil der Kirchhöri Herisau, in welcher es den grössten Teil der "Rutzen" und der "Jesperger Schaar" (Jesperg = Nieschberg) bildetete. Als wichtiger Grund für die Loslösung von der Mutterkirche Herisau wurde – neben den Beschwerden über den weiten Kirchgang – vor allem Befürchtungen wegen der Nähe der katholischen Kirche Degersheim geltend gemacht. Da die Schwellbrunner ein "unwüssend zimlicher Massen aufrührisch Volk" seien, unter denen sich nicht drei Mann fänden, die lesen und schreiben könnten, sei die Gefahr, dass sie aus Unwissenheit und Bequemlichkeit zum Papsttum überträten, besonders gross. Dies behaupteten wenigstens die ausserrhodischen Vertreter, die an einer evangelischen Konferenz in Aarau um eine Beisteuer baten. Conrad Meyer, der spätere Landvogt, hatte das Anliegen der Schwellbrunner Bürger schon 1647 vor den Grossen Rat gebracht, welcher den Kirchenbau bewilligte.

Zu den Initianten gehörte auch ein bayrischer Maurermeister aus dem Lechtal, namens Georg Scharpf, der bei Landammann Tanner in Herisau gerade eine Arbeit ausführte. Er interessierte sich für das Vorhaben der Schwellbrunner und begann angesehene Einwohner zu bearbeiten. Scharpf hat dann auch einen Teil der Maurerarbeiten ausgeführt.

Wichtig war natürlich, was die Kirchhöri Herisau zu dieser Angelegenheit sagte. Sie beschloss indessen bald, dem Kirchenbau keine Hindernisse in den Weg zu legen, doch dürfte es nicht zu einer Aufteilung des Kirchenguts und zu einer politischen Trennung von Herisau führen.

Unterdessen hatten die Schwellbrunner bereits ihre ersten Versammlungen abgehalten; dabei zeigte es sich, dass von 112 Haushaltungen immerhin 30 dem Vorhaben ablehnend gegenüberstanden. Ziemlich viel zu reden gab – was den heutigen Besucher von Schwellbrunn verwundern mag – die Platzfrage: Die "obere Schar" wollte die Kirche in den Geren errichten, die "untere" am Buebenstig, also an der hinteren Rippe. Doch gelang es Landshauptmann Meyer und Hauptmann Scheuss im Schwänberg, die streitenden Parteien zu vereinigen.

Finanziert wurde der Bau, der ungefähr 8‘500 Gulden kostete, durch obligatorische und freiwillige Steuern der Schwellbrunner, durch Sammlungen innerhalb und ausserhalb des Landes. Insgesamt wurden 12'926 Gulden zusammengetragen. Am 13. April 1648 war mit dem Bau begonnnen worden, am 22. Oktober des gleichen Jahres konnte die Einweihungsfeier gehalten werden.

Der Kirchenbau hatte trotz einigem Widerstand von Herisau die Bildung einer Gemeinde zur Folge. Als die Schwellbrunner noch während der Bauzeit an Herisau das Gesuch richteten, dieses möchte ihm doch einiges aus dem Kirchengut verabfolgen, erging der Beschluss, man wolle das Kirchengut entsprechend der männlichen Bevölkerung herausgeben. Die Kirchhöri bewilligte noch im selben Jahr 1648 die Entlassung von Schwellbrunn aus dem Herisauer Kirchhöriverband. Die neu gegründete Gemeinde wurde nach der Hofstatt benennt, auf der die Kirche erstellt wurde und in der Folge das ganze Dorf entstand.

Die begreiflichen Widerstände, die sich in Herisau zuerst gegen die Loslösung von Schwellbrunn zeigten, wurden sehr rasch überwunden und Herisau machte auch das Angebot, Schwellbrunn zu helfen, einige Hauptleute und Räte zu erhalten, "damit sie auch Gewalt haben, zu mindern und zu mehren". Um dem Einflussbereich der verschiedenen Gemeindegebiete Rechnung zu tragen, stellte gemäss Schwellbrunner Gemeindeordnung jede Schar je vier Ratsherren und der Hauptmann musste abwechselnd aus der oberen und der unteren Schar gewählt werden. Mit der Bevölkerungszunahme im Dorf, das zur oberen Schar gehörte, erwies sich diese Regelung bald als überholt, 1818 wurde sie ganz aufgehoben.